Východiskovým predpokladom pre úspešné zvládnutie projektu bolo vypracovanie odborne podloženej metodiky na identifikáciu pralesov. Z dôvodu čo najlepšieho zvládnutia tejto úlohy bola vytvorená Vedecká rada projektu zložená z odborníkov z oblasti ochrany prírody, lesníctva, ekológie a prírodných vied. Metodika identifikácie pralesov (vrátane definícií, kritérií, indikátorov a ich parametrov) bola predmetom diskusie v rámci pracovného workshopu uskutočneného v júli 2009 v Banskej Bystrici, ako aj pripomienkovania v rámci širšej odbornej verejnosti.
Metodika identifikácia pralesov je založená na troch základných krokoch:
Súčasťou metodiky je aj „Manuál pre mapovateľov“, kde uvedený podrobný postup mapovania v teréne, vrátane vysvetlivok k vypĺňaniu mapovacieho formulára.