Pôvodné rozľahlé pralesy svojou mnohotvárnosťou, mohutnosťou a tajuplnosťou už oddávna mysticky vplývali na povedomie človeka a vzbudzovali v ňom rešpekt. Opradené boli rôznymi mýtmi, záhadami a čarami tradovanými v bájkach a poverách, z ktorých mnohé sa zachovali až dodnes. V slovenskej mytológii boli pralesy sídlom rozličných fantastických bytostí (lesné žienky - víly, rusalky, bludičky, vlkolaci, trpaslíci, duchovia a pod.). Paradoxne až v dôsledku narušenia celistvosti pralesov kolonizáciou vznikajúcimi sídlami (hradiská, kláštory, osady baníkov, pastierov a samoty uhliarov) sa zmenil pôvodný nepriateľský postoj vtedajších obyvateľov voči pralesu. Odzrkadlilo sa to aj v povestiach a piesňach, kde sa začali objavovať motívy lesných dobroprajníkov, dobrých víl a škriatkov, ktorí blúdiacich vyslobodzovali, ľuďom pomáhali a chránili ich pred nebezpečenstvom.
V pralesoch existovali posvätné háje venované pohanským božstvám, a preto boli tieto časti pralesov nedotknuteľné. Tento náboženský motív ochrany častí pralesov po nástupe kresťanstva zanikol. Ľud šetril pralesy v dávnej minulosti lebo v nich nachádzal značnú časť svojej obživy a necítil potrebu nadmerne rúbať drevo, nakoľko nebolo predmetom obchodu.
Prvotná ochrana lesov bola motivovaná ochranou rozsiahlych loveckých revírov panovníka, veľmožov a zemepánov. Pralesov bolo v tom čase dostatok a preto pre panovníkov a iných veľmožov mala zverina (mäso) väčší význam ako drevo. Napríklad rozsiahle pralesmi porastené územie severne od bzovíckeho a beňadického kláštora sa nazývalo „Zvolenským lesom“ (Silva de Zolum). Určitú časť Zvolenského lesa si kráľ Belo IV. vyhradil pre kráľovskú zvernicu (Silva regalis), kde trávil voľné chvíle so svojim sprievodom na poľovačkách a pri zábavách. Pokračovali v tom aj jeho následníci. Zásahy do týchto lesov boli spravidla prísne až kruto postihované. Napríklad, podľa českého zemského zákonníka „Majestas Carolina“, vydaného na podnet kráľa Karola IV. Luxemburského v roku 1348, za nepovolený výrub stromov v kráľovských lesoch páchateľovi hrozilo odťatie ruky, konfiškácia majetku a za založenie lesného požiaru dokonca až upálenie. Táto snaha Karola IV. o zachovanie a ochranu kráľovských lesov a zveri sa však nevžila do praxe a po jeho smrti zanikla.
Zaujímavým motívom ochrany niektorých pralesov bol vojenský (militárny) motív. V pralesoch bolo totiž možné ukryť vojsko a nepreniknuteľné pohraničné pralesy chránili krajinu pred vpádom nepriateľov (v Českom kráľovstve to boli známe „pohraniční hvozdy“).
Žalostný stav lesov v okolí baní a hút v 16. storočí prinútil panovníka na zaviesť opatrenia, ktoré mali prispieť k zabezpečeniu dostatku dreva pre banské podnikanie - v roku 1565 Maximiliánov lesný poriadok (Constitutio Maximiliana) a v roku 1769 Tereziánsky lesný poriadok, ktorý bol na Slovensku vydaný v roku 1770 pod názvom „Porádek hor, aneb lesuw zachowánj“. Zavedením určitých pravidiel do využívania lesov mali tieto štatúty zabrániť ich ďalšiemu drancovaniu, čím nepriamo prispeli aj k zachovaniu zvyškov niektorých pralesov, hoci ich prvoradým cieľom bolo zabezpečenie dostatku dreva pre bane a huty. K zamedzeniu pustošenia lesov mali prispieť aj neskôr (r. 1791, 1807) prijaté zákonné články. Cieľavedomé obhospodarovanie lesov priniesol až prvý komplexný uhorský lesný zákon, známy ako zákonný článok XXXI, ktorý bol prijatý v roku 1869 (zaujímavé je, že s určitými zmenami platil až do roku 1960).
V 18. storočí sa pod vplyvom prenikajúceho učenia francúzskeho osvietenca a predstaviteľa romantizmu Jean Jacquesa Rousseaua nabádajúceho k návratu k prírode, rozšíril sentimentálne romantický motív ochrany neporušených častí prírody, teda pralesov, ukážky ktorých by sa mali zachovať ako „prírodné pamiatky“ pre budúce pokolenia. Práve tieto vplyvy motivovali prírodovedecky vzdelaných a osvietených šľachticov v Čechách k zriadeniu prvých rezervácií na svojich panstvách. Šľachtic a filozof Jiří František August Buquoy de Longueval dňa 28. augusta 1838 zriadil v Novohradských horách dve prírodné rezervácie – Žofínsky prales a Hojná voda. V roku 1858 šľachtic Jan Adolf Schwarzenberg zriadil na Šumave chránené územie „Urwald Kubani“ na Boubíne, ktoré je známe ako Boubínsky prales. Tieto chránené územia patria medzi najstaršie v Európe. Dôvodom ich vyňatia týchto lesov z hospodárskeho využívania bolo citovo estetické želanie majiteľa zachovať najmenej porušené pralesové časti pre všetky budúce časy v pôvodnom stave „...ako pamätníky dávno minulých dôb názornému pôžitku pravých priateľov prírody...“. V tomto prvom (romantickom) období bol výber chránených území charakteru pralesa vyložene náhodný a nejde teda ešte o cielenú tvorbu sústavy chránených území tohto typu.
Na území Slovenska vznikli prvé chránené územia v roku 1895 (Slovenská Ľupča - Polesie Šalková, dnes NPR Príboj a Slovenská Ľupča - Ponická Huta, dnes NPR Ponická dúbrava), ktoré však nemali charakter pralesa. K ochrane ukážok pralesov došlo až v roku 1913 zásluhou vynikajúceho lesníka a zakladateľa ochrany prírody v Uhorsku Karola Kaána. Jeho publikácia „Zachovanie prírodných pamiatok“ (A természeti emlékek fentartása), ktorá bola vydaná v Budapešti roku 1909, je akousi koncepciou ochrany prírodných pamiatok (vrátane pralesov) v Uhorsku. Východiskom k tomu bola už skôr začatá inventarizácia prírodných pamiatok. Na základe pokynu uhorského ministra pôdohospodárstva Ignácza Darányiho č. 95098 zo dňa 1. januára 1908, ktorý zrejme inicioval Karol Kaán, predložilo Banskobystrické lesné riaditeľstvo návrh na ochranu troch prírodných pamiatok (pralesov), a to: Kulisovo (dnes NPR Badínsky prales), Gerauka (dnes NPR Dobročský prales) a Plachta (dnes neexistuje).
Návrh bol schválený v roku 1913 výnosom ministra pôdohospodárstva č. 127.663 I. B. 1. 1913 s tým, že „...podstatu týchto lesov, vzhľadom na ich pradávny charakter, ako prírodné pamiatky treba zachovať pre budúce generácie a preto majú byť z akéhokoľvek využitia bezodkladne vylúčené.“ Je zaujímavé, že citovaným výnosom stanovená ochrana sa vzťahovala na všetky tri pralesy, pričom dva z nich (Badínsky a Dobročský prales) sa dodnes zachovali, ale príčiny straty pralesa „Plachta“, nachádzajúcom sa v obvode Lesnej správy Krám (Čierny Balog), ostali nevyjasnené.
Po vzniku prvej ČSR v roku 1918 sa rozšírila pôsobnosť Ministerstva školstva a národnej osvety (MŠaNO) v Prahe aj na problematiku ochrany prírodných pamiatok. Na Slovensku táto problematika bola v náplni Vládneho komisariátu na ochranu pamiatok, ktorý vznikol v roku 1919 a v roku 1922 sa zmenil na Štátny referát na ochranu pamiatok na Slovensku. Rok 1919 preto možno považovať za rok vzniku inštitucionálnej ochrany prírody na Slovensku a začiatok snáh o cieľavedomú ochranu prírodných hodnôt (V. Stockmann, 2009). V zozname, ktorý je súčasťou výnosu MŠaNO č. 143.547/33 – V. zo dňa 31. decembra 1933 o ochrane prírodných pamiatok, je zo Slovenska uvedených 18 chránených území (14 čiastočných rezervácií, 2 úplné a 2 čiastočne úplné), z ktorých 7 malo celkom alebo z väčšej časti charakter pralesa (Kašivárová u Dolních Hamrů, Dobročský prales, Badínsky prales, „Babia Gura“, Krajná Poljana v průsmyku dukelském „Dranec“, „Pálenica“ u Zuberce, Slovenská státní reservace v Pieninách) Z územia Podkarpatskej Rusi je uvedené 12 chránených území (9 úplných rezervácií a 3 čiastočné), z ktorých až 10 malo charakter pralesa (Prales Stužice „Jasan“, Prales „Tichý“, „Pod Haverlou“, „Pop Ivan“, Tri Hotari Ostrá Hora u Zdeňové, Vysoký Kámen a Vysoká Jedle u Zdeňové, Vodnožanská Kičera v polesí Široký Luh, Gorgán u Brustury, Apecka u Krasnošory, Prales „Kamionka“). Je na škodu, že sa nepodarili zrealizovať už vtedy pripravené návrhy na veľké prírodné rezervácie vo Vysokých Tatrách, v Roháčoch a v centrálnej časti Nízkych Tatier, pretože tam sa v tom čase ešte nachádzalo viac lokalít s charakterom pralesa. V roku 1932 bolo úspechom vyhlásenie Slovenskej štátnej rezervácie v Pieninách, ktorá nadväzovala na poľskú pieninskú rezerváciu a stala sa tak prvým bilaterálnym chráneným územím v Európe.
Po druhej svetovej vojne právny rámec pre ochranu prírody vytvoril Zákon SNR č. 1/1955 Zb. SNR o štátnej ochrane prírody (v Čechách to bol zákon ČNR č. 40/1956 Zb. o státní ochraně přírody). Podľa Š. Korpeľa (1989) v 25 ročnom období od prijatia tohto zákona bolo zriadených asi štyrikrát toľko rezervácií na viac než 25 násobnej výmere ako za 55 rokov pred platnosťou tohto zákona. Na nebývalom náraste chránených území vrátane pralesných sa významne podieľal aj narastajúci odborný potenciál organizácií ochrany prírody. M. Vyskot a kol. (1981) udávajú z Čiech 106 a zo Slovenska 37 charakteristických pralesných rezervácií, avšak Š. Korpeľ (1989) ich zo Slovenska udáva až 74 s rozlohou asi 14 630 ha, pričom celkovú výmeru pralesov na Slovensku odhaduje na 18 až 20 000 ha.
V ďalšom období boli postupne vyhlasované mnohé veľkoplošné (CHKO, NP) aj maloplošné chránené územia (NPR, PR, NPP, PP, CHA). Veľkoplošné chránené územia (NP, CHKO) spolu s ochrannými pásmami zaberali dohromady 1 110 598,9823 ha, čo predstavovalo 22,65 % rozlohy SR a maloplošné chránené územia spolu s ochrannými pásmami zaberajú približne 2,28 % rozlohy SR. Napriek tejto rozsiahlej sieti chránených území, vo vzťahu k pralesom nie je celkom efektívna. Časť pralesov zostala doteraz nechránená, časť je dokonca ťažená a aj tie, ktoré by mali byť prísne chránené boli (najmä do roku 2002) v mnohých prípadoch negatívne ovplyvnené zásahmi do kontinuity prirodzeného vývoja lesov. V tejto rozsiahlej sústave chránených území je zahrnutá (najmä v rámci NPR) prevažná časť všetkých doteraz známych pralesov, čo však neznamená, že už ďalšie nebudú identifikované, pretože ich podrobná inventarizácia ešte nebola realizovaná. Š. Korpeľ (1989) odhaduje celkovú rozlohu pralesov na Slovensku v rozpätí od 18 do 20 tisíc hektárov. Pralesy bez osobitnej ochrany však nemajú šancu na zachovanie.
Ochranu pralesov v súčasnosti komplikujú zložité vlastnícke vzťahy k chráneným územiam a z toho vyplývajúce oprávnené požiadavky na náhradu za vylúčenie obhospodarovania v týchto územiach ako aj dvojkoľajnosť v ochrane prírody a obhospodarovaní lesov na štátnych pozemkoch.